Christian Friedrich Samuel Hahnemann naît le 10 avril 1755 à Meissen, en Saxe. Fils d’un peintre sur porcelaine, il montre très tôt une inclination pour les langues et les sciences. Il maîtrise rapidement le grec, le latin, l’hébreu, l’arabe et plusieurs langues modernes. En 1775, il entame des études de médecine à Leipzig, qu’il poursuit à Vienne, avant de recevoir son doctorat à Erlangen en 1779.
Médecin et chimiste respecté, Hahnemann traduit de nombreux ouvrages médicaux, tout en exerçant à travers différentes villes allemandes. Insatisfait de la médecine dominante de son époque, qu’il juge souvent barbare (notamment l’usage abusif des saignées, purgatifs et mélanges médicamenteux), il décide de suspendre sa pratique pour se consacrer à la recherche.
En 1790, lors de la traduction d’un ouvrage de William Cullen sur la quinquina, Hahnemann expérimente sur lui-même la substance et découvre qu’elle provoque les symptômes du paludisme chez le sujet sain. Ce phénomène le conduit à formuler le principe fondamental de l’homéopathie : similia similibus curentur, ou « le semblable guérit le semblable ».
À partir de cette découverte, il élabore une méthode thérapeutique fondée sur l’administration de substances diluées et dynamisées, testées au préalable sur des volontaires sains, selon un protocole qu’il nomme pathogénésie. Il publie ses premiers écrits sur cette nouvelle méthode entre 1796 et 1805.
En 1810 paraît la première édition de l’Organon de l’Art de Guérir, ouvrage fondamental où il expose les principes de l’homéopathie. L’ouvrage connaîtra six éditions de son vivant, la dernière étant publiée à titre posthume. Il y défend l’individualisation des traitements, la prescription d’un seul remède à la fois, et l’usage de doses infinitésimales préparées par des procédés précis de dilution et de succussion.
Persécuté par les autorités médicales officielles, Hahnemann est contraint de déménager fréquemment. Il s’installe à Leipzig, puis à Köthen en 1821, où il bénéficie de la protection du duc Ferdinand d’Anhalt-Köthen, ce qui lui permet de pratiquer et d’enseigner l’homéopathie librement. Il y soigne de nombreux patients et forme ses premiers disciples.
En 1835, à l’âge de 80 ans, il épouse Mélanie d’Hervilly, une jeune artiste française venue se faire soigner. Il s’installe alors à Paris, où il ouvre un cabinet très fréquenté. C’est dans cette dernière période qu’il acquiert une reconnaissance tardive en France, notamment auprès de l’élite sociale et artistique.
Samuel Hahnemann meurt à Paris le 2 juillet 1843, à l’âge de 88 ans. Il est inhumé au cimetière du Père-Lachaise, où sa tombe porte l’inscription Non inutilis vixi (« je n’ai pas vécu en vain »).
Son œuvre comprend, outre l’Organon, la Matière Médicale Pure, Les Maladies Chroniques, ainsi que de nombreuses lettres, essais et pathogénésies. Il est à l’origine d’une tradition thérapeutique mondiale, qui influencera profondément la médecine alternative et la conception même de la santé dans les siècles suivants.